В санаториях и иных медицинских учреждениях гидроколонотерапию в первую очередь используют при лечении заболеваний толстого кишечника, а также для подготовки пациента к иным диагностическим процедурам при кишечных заболеваниях. Также данную физиотерапевтическую методику используют для борьбы с запорами, диареей, хроническими заболеваниями кожи, дисбактериозом, подагрой, ожирением и в ряде иных случаев.